造成跑步的时候左小腹疼的原因有很多，通常考虑是肠痉挛或者胃肠道功能紊乱等胃肠道疾病所引起的，其主要原因是由于运动时，消化道会进入大量的空气，从而刺激腹部，致使控制肠道运动的神经系统功能失调，从而导致一过性肠壁肌肉痉挛，暂时阻断肠道内容物通过，使附近肠壁平滑肌强烈收缩，所以会出现小腹疼痛的情况。对于女性来说，还要考虑是妇科疾病所引起的，比如卵巢黄体破裂、卵巢囊肿蒂扭转、子宫附件炎症等。