婴儿肠炎一般很难自愈，临床上主要以抗感染以及支持治疗为主，如果患者的婴儿肠炎是细菌感染所致，则要运用抗生素药物进行治疗，患者伴有脱水的现象时，还可以通过口服补液以及静脉补液来纠正脱水以及酸碱平衡失调等情况。部分婴儿肠炎患者还可能会出现肠道菌群失调的现象，此时还应运用微生态制剂进行治疗，腹泻症状严重者应运用蒙脱石散止泻剂进行治疗。