怀孕早期有褐色分泌物，可能和以下几种原因有关：一、受精卵着床。部分女性在怀孕早期受精卵着床的时候会出现阴道阴道少量出血或者褐色分泌物的情况。二、先兆流产。如果孕早期剧烈运动或者孕酮值、HCG值偏低，也会出现褐色分泌物或者阴道出血、小腹疼痛等症状。三、宫颈病变。如果有宫颈炎等疾病，也可能出现有褐色分泌物的情况。建议最好去医院妇产科详细检查，找出原因后对因治疗。