藏红花在临床上的副作用是在过度使用后，会引起腹痛、腹泻以及胃肠道出血等不良的症状，还会引起女性月经量的增多以及月经周期的紊乱。如果长时间使用，还会引起神经异常兴奋，并且会导致女性的内分泌失调。当出现藏红花中毒时，则会引起肢体抽搐、神志不清等不良的现象。此外藏红花具有活血的作用，当孕妇使用后，则会引起子宫平滑肌痉挛，导致流产或早产等不良的现象。