如果患者皮下囊肿的体积较小或者皮损较轻的时候，可以通过外涂维A酸软膏以及口服米诺环素药物进行治疗，患者出现多发性皮损的现象时，则要口服异维A药物来治疗。如果患者囊肿出现炎性改变的现象，还可以通过注射曲安奈德药物进行治疗。不想进行手术的患者还可以入院进行物理治疗，其包括电灼、激光以及冷冻等。如果患者皮下囊肿出现单个皮损体积较大的现象时，则最好进行手术切除治疗。