孩子在注射流感疫苗后，若是高烧至39度，则建议及时给孩子使用退烧类的药物来进行治疗，例如布洛芬、复方阿司匹林等，加快体温的下降，防止孩子长时间处于高烧的情况之后，对脑部功能造成损伤，影响后续的智力发育情况。其次，需要遵医嘱给孩子使用吲哚美辛、对乙酰氨基酚等药物进行治疗。另外，进行药物治疗的同时，家长也需要给孩子进行物理退烧，起到辅助降温的效果。