不同类型的肝囊肿，病因也不同。如果是单纯性肝囊肿，可能和患者在胚胎时期内淋巴管和肝胆内管发育异常有关，一般只能进行手术治疗，例如经皮穿刺手术等。如果是多囊性肝病，可能是胆道纤毛缺陷引起的胆管细胞过度增值，可以服用生长抑素类似物、熊去氧胆酸等药物治疗。如果是肝包虫囊肿，这主要是因为患者误食绦虫卵所致，可以使用本丙硫咪唑类、吡喹酮片剂等药物治疗。