巴氏腺囊肿一般不会自愈。巴氏腺囊肿一般需要通过治疗达到治愈的效果，如果无明显症状的患者可以暂时不采取治疗，但要注意密切观察，这种状态多则可以持续数年不变。如果患者出现较大囊肿影响外观，还出现疼痛、感染等症状，首先可以选择使用切开引流、脓肿造口术等手术或者二氧化碳激光造口术等将脓液排出，有效缓解脓肿症状，还可以按情况使用青霉素、头孢等抗生素进行治疗。