黄连上清丸具有泻火止痛和清热通便的功效，多数与其中含有黄芩、栀子和连翘等成分有关，常常用于治疗风热上攻或肺胃热盛引起的牙齿疼痛、头晕目眩和口舌生疮等症状，并且对大便秘结和小便短赤等现象有很好的治疗作用，同时还能够治疗麦粒肿。黄连上清丸的副作用有过敏反应，比较常见的是瘙痒性皮疹和荨麻疹，部分患者还会出现腹泻和腹痛等胃肠道不适感，怀孕和哺乳期的女性不建议使用。