心脏封堵术的坏处是在术中可能会出现血管损伤的现象，从而会形成动静脉瘘等表现。部分患者还会由于对造影剂过敏，从而出现轻重不一的过敏现象。在手术的过程中还可能会出现封堵伞脱落的现象。在封堵伞放置后还可能会出现传导阻滞、瓣膜异常、心包积液等不良的现象。但是总体来说心脏封堵术的好处大于坏处，心脏封堵术是一种介入治疗，可以用于多种先天性心脏病的治疗。