巴氏腺囊肿手术一般有两种，一种是巴氏腺造口手术，首先要在麻醉下切开巴氏腺，将囊腔里存储的液体释放出来，其次再使用抗生素或者是生理盐水等清洗巴氏腺的囊腔，用油纱等填塞巴氏腺的囊腔，要记得去医院更换，一般一星期左右，就可以治愈了，但是有复发的风险。另一种是巴氏腺囊肿剥除术，需要进行麻醉，将囊肿剥除，这种可以治愈巴氏腺囊肿，不会复发，但是切除之后，可能会影响性生活。