金匮肾气丸具有温补肾阳的功效，不过孕妇是不可以服用的，也不能与外感药及赤石脂一同服用。有口干舌燥、小便黄等症状的高血压、心脏病患者也不可服用，因为金匮肾气丸中含有肉桂，可能会加重患者的症状。金匮肾气丸必须要对症使用，否则也容易加重病情，适得其反。还有，长期服用金匮肾气丸可能会影响肝肾功能，出现肾衰竭或是肝衰竭的现象。另外，服用金匮肾气丸期间要避免吃生冷的食物。