木瓜籽具有益胃消食以及补脾美容的功效，食用木瓜籽可以缓解脾胃虚弱引起的不适症状，比如脘腹胀满、食欲不振、精神萎靡、大便溏薄、形体消瘦、面色枯黄等等。木瓜籽还含有一定的维生素和微量元素，食用后可以提高机体的抗病能力。适量食用木瓜籽还具有改善肾脏以及肝脏功能的作用，帮助治疗肝硬化，预防肾功能衰竭。一般不建议木瓜籽与海鲜同食，以免引起胃肠道不适。