长扁平疣与人乳头瘤病毒感染有直接关系，多是由HPV-2、3或10型病毒感染引起。该病毒可以通过人体皮肤表面的微小创面，进入到上皮细胞内进行增殖，致使局部皮肤表面出现芝麻或米粒大小的疣体，颜色与皮肤基本类似，没有瘙痒症状，部分患者是因为自身机体免疫力下降引起此问题。患者有可能是与扁平疣患者共用毛巾，或曾经发生过密切的皮肤接触，致使病毒传播，从而引起该病症。