治疗扁平疣首先可通过药物抗病毒治疗。例如通过使用水杨酸、维A酸软膏、干扰素凝胶、咪喹莫特乳膏以及使用氟尿嘧啶或酞丁安软膏等外用，也可以同时服用西咪替丁或者肌肉注射卡介菌多糖核酸等进行免疫调节。药物治疗效果不明显时可以进行手术来将自体疣植入脂肪层，使其产生病毒抗体，有利于去除表皮的扁平疣，而且降低复发率。平时要注意个人卫生，避免直接抓挠，注意遵循医嘱。