碘伏一般不可以治疗扁平疣，因为碘伏是一种皮肤表面消毒剂，涂抹在局部皮肤表面可能起到杀菌消毒的作用。但由于扁平疣是一种病毒感染性疾病，此疾病不仅出现在皮肤表面，还存在皮肤内的中上层，此时的碘伏只能涂抹在患处的表面，不能涂抹进皮肤内，所以不能起到治疗扁平疣的作用。但此时可以遵医嘱给予药物治疗，比如维A酸乳膏、壬二酸软膏以及干扰素乳膏等。