目前在临床上对偏头痛病因尚不明显，可能和内分泌代谢、环境因素有关系，也可能和遗传因素、精神因素有关系。偏头痛有遗传易感性，如果家族中有偏头痛患者，那么自身患有偏头痛的概率会比正常人高3-6倍。其次神经系统兴奋性相关基因突变，也和偏头痛常见类型有关系，所以说偏头痛和神经细胞兴奋性紊乱也是有关系的。另外诱发偏头痛的原因也很多，比如饮食，食用过多含有亚硝酸盐的肉类、腌制食品、咖啡因较高的饮料，都会诱发偏头痛出现。另外和感觉刺激、睡眠不足、口服药物等都有一定的关系。