临床中部分患者使用西地那非后会出现不良的消化系统反应，比如腹泻、消化不良和吞咽困难等；也会发生白细胞减少或者是贫血等血液系统反应。还有部分患者使用西地那非后发生心脑血管疾病，包括心律失常、脑出血、低血压和脑出血等，严重的时候会造成心肌梗死以及心源性猝死；同时对肌肉骨骼也有一定的毒副作用，容易导致肌腱断裂、肌肉痛和关节性疾病，因此患者需在医生的指导下使用。