巧克力囊肿是因为子宫内膜异位症在卵巢皮质内引起的单个以及多个囊肿，一般情况下子宫内膜在宫腔内生长，然后受到体内性激素的影响，会每月脱落一次，也就是平时所说的月经。月经期间脱落的子宫内膜碎片，如果跟着经血逆流到输卵管进入盆腔内，然后再种植在盆腔的某个部位，这时就会形成异位囊肿。当这种病变在卵巢上发生时，月经期会将卵巢变大，变成含有陈旧性积血的囊肿，这种积血一般呈褐色、黏稠跟巧克力很像，所以称之为巧克力囊肿。