孕12周肚子隐隐作痛，需要观察是上腹部疼痛还是下腹部疼痛。对于上腹部疼痛的女性，主要是消化系统疾病所致，患者应该去医院消化内科就诊，进行相关检查，排除患有胃炎、胃溃疡等疾病的可能。如果是消化不良引起的，可以服用促消化的药物。如果是下腹部疼痛，且伴有阴道流血的症状，多考虑是先兆流产引起的，需要去医院妇科就诊，根据检查的情况决定是否需要用药保胎。