肛瘘患者的在临床症状表现为：肛瘘外口有血性或是脓性分泌物，一般呈持续性分泌，并且由于分泌物的刺激，患者会出现肛周瘙痒的症状，有部分患者还会有肛周湿疹出现，若患者出现气体和粪便从肛管内排出，则需要考虑肛位置比较高、体积较大，无法受括约肌的控制，是比较严重的情况。在瘘管发生阻塞后，患者会出现比较剧烈的疼痛，一般表现为跳痛、胀痛，在进行引流后症状会逐渐减轻。