小腹两侧疼可能是急性胃肠炎引起的，可能是由于病毒感染、细菌感染、寄生虫感染、进食生冷或大量酸性等刺激性过强的食物、摄入蘑菇、服用阿司匹林药物、酗酒、海鲜过敏、重金属中毒等原因所致，饮用生水、免疫力低下、营养不良、长期大量使用抗生素等因素也可增加患病的风险。另外，消化性溃疡也可导致小腹两侧疼，主要与幽门螺杆菌感染、长期服用非甾体抗炎药、胃酸分泌过多有关，吸烟、长期精神紧张、饮用浓茶等因素也可诱发。