若明确小儿肠系膜淋巴结炎是细菌感染引起的，可以在医生指导下使用抗生素药物治疗，比如阿莫西林、头孢氨苄、头孢克肟、头孢呋辛、头孢克洛等等。若明确是结核菌感染导致的，则应使用抗结核药物治疗，比如异烟肼、链霉素、利福平、乙胺丁醇、吡嗪酰胺。若患儿出现发烧的情况，体温已经超过了38.5度，则还需使用退热药物治疗，比如布洛芬混悬液、对乙酰氨基酚，同时给予患儿水分补充。