阿奇霉素和阿莫西林的区别在于两者的抗生素类别、抗菌机制以及敏感的细菌不同。阿奇霉素属于大环内酯类抗生素，主要通过抑制细菌蛋白质的合成来达到抗菌的作用，对于革兰氏阳性菌的敏感性较高；而阿莫西林属于青霉素类抗生素，主要通过抑制细菌细胞壁的合成来达到抗菌的作用，对衣原体、支原体等非典型病原菌比较敏感。两种抗生素都可以用于治疗呼吸道的感染、皮肤软组织的感染。