直肠炎可以根据病因治疗，如果是溃疡性直肠炎，可以给予美沙拉嗪联合糖皮质激素保留灌肠方法治疗；放射性直肠炎患者，控制炎症以及减少出血，可以给予甲硝唑、硫糖铝治疗。如果是嗜酸细胞性直肠炎，可以给予氟替卡松、色甘酸钠、孟鲁司特治疗，另外中药灌肠，可以较快缓解不适症状，也可以促进肠粘膜恢复，但是出血量较大患者需谨慎使用。另外还可以给予高压氧治疗，这是放射性肠炎治疗的方法，也可以选择消融术，可以改善直肠出血症状。