霉菌性中耳炎治疗一般以控制感染及排除积液为主。如患者内部积液较多，则一般需进行穿刺或直接切开鼓膜引流以排除积液、降低耳内压力。后续则需服用伊曲康唑、氟康唑等抗真菌药物抑制感染，如有必要，则也可经咽鼓管直接喷入抗真菌药物。另外如局部充血水肿严重，则还可喷入糖皮质激素控制炎性反应。再者，部分患者还可伴有鼻塞，可利用羟甲唑啉、麻黄素等滴鼻液减轻充血。