肛瘘可以进行药物治疗，发生急性感染时，在医生的指导下服用抗生素进行治疗，可以使用高锰酸钾溶液或中药药液进行坐浴，之后外敷抗菌软膏在肛门上。肛瘘可以进行手术治疗，是治疗肛瘘的主要手段，可以去除病灶，使引流通畅，减少肛门括约肌的损伤，一般进行肛瘘切开术，挂线疗法和肛瘘切除术，手术需要进行具体的检查，然后选择合适的手术方式，肛瘘也可以通过微创技术来进行治疗。