慢性肠炎的发生考虑和平时不良饮食习惯有关，如经常暴饮暴食、进食过多辛辣刺激食物、酗酒、饮食不规律等。慢性肠炎还有可能是细菌性痢疾、结肠炎等疾病迁延而来的，也有可能是克罗恩病、肠结核等疾病发展引起的。若是存在甲状腺功能亢进、糖尿病、过敏性结肠炎、慢性胰腺炎、结肠憩室炎等疾病，也容易引起慢性肠炎的发生。中医上认为慢性肠炎多是脾胃虚弱、肾阳虚衰、情志失调、房事过度引起脾肝肾功能障碍导致的。