有巧克力囊肿的女性是有可能会怀孕的。若患者的巧克力囊肿体积比较小，则可以观察患者自身的情况，如果适合怀孕，则囊肿会在怀孕后因为子宫内膜停止脱落而逐渐萎缩，一般不会影响到胎儿。但如果女性的巧克力囊肿体积较大，则可能会导致卵巢功能障碍，患者可能会出现不孕的情况，建议患者尽快处理巧克力囊肿，在治疗后再怀孕，以免影响胎儿的生长发育，治疗期间要注意营养均衡，多吃蔬菜水果。