耳朵根后面疼痛的原因有很多，若是耳后部位受外伤，例如擦伤、撞伤等，可导致局部的血管、软组织等受损，引起耳后血肿、疼痛。若平时不注意局部卫生，较多的皮脂与污垢堵塞耳后皮肤的皮脂腺导管，引起皮脂腺囊肿，也会造成耳朵根后面疼痛。除此之外，扁桃体炎、急性中耳炎、化脓性中耳炎等炎症性疾病容易导致耳后淋巴结肿大，进而造成耳朵根后面疼痛，此时可以使用口服或静脉输注抗生素治疗。