间质瘤形成的基本病因与基因突变相关，多数胃肠间质瘤患者体内的血小板生长因子基因以及酪氨酸激酶基因发生突变的情况，这些异常的基因会导致局部肿瘤细胞持续增长。此外与环境因素也有一定的关系，如果周围环境中存在放射性物质，容易引起胃肠间质瘤发病。其次部分遗传疾病也与该疾病有关，如神经纤维瘤1型等，可能会增加患胃肠间质瘤的风险。