在中医全科理疗师证书的权威性问题上，人社部和中科院都有其独特的地位和作用，人社部作为国家级行政部门，负责制定和发布国家职业资格证书制度的政策、法规和标准，对于中医全科理疗师证书的认证和管理具有直接的权威性，而中科院作为中国科学院下属的科研机构，主要从事科学研究和技术创新，对于中医全科理疗师的专业技能和知识体系的研究和推广也具有一定的权威性。

从行政级别来看，人社部是国家级行政部门，具有较高的权威性，人社部负责制定和发布国家职业资格证书制度的政策、法规和标准，对于中医全科理疗师证书的认证和管理具有直接的权威性，人社部颁发的中医全科理疗师证书在全国范围内具有法律效力，是从事中医全科理疗师工作的必备证件，在权威性方面，人社部具有较高的地位。

从专业领域来看，中科院作为中国科学院下属的科研机构，主要从事科学研究和技术创新，对于中医全科理疗师的专业技能和知识体系的研究和推广也具有一定的权威性，中科院通过设立相关专业研究机构，开展中医全科理疗师的专业培训和技能提升工作，为中医全科理疗师的发展提供了有力的支持，中科院还通过与国内外知名中医药机构合作，推动中医全科理疗师的国际化发展，提高了中医全科理疗师的专业水平和国际竞争力。

虽然人社部和中科院在中医全科理疗师证书的权威性方面各有优势，但在实际应用中，两者的认证和管理方式并不完全独立，人社部在颁发中医全科理疗师证书时，会参考中科院的相关研究成果和培训标准，以确保证书的权威性和专业性，中科院也会关注人社部的管理政策和标准变化，调整自身的培训和研究工作，以更好地服务于中医全科理疗师的发展。

人社部和中科院在中医全科理疗师证书的权威性方面都具有一定的优势，人社部作为国家级行政部门，具有较高的行政权威性；而中科院作为科研机构，具有较强的专业权威性，在实际应用中，两者相互支持、协同发展，共同推动中医全科理疗师行业的发展和进步，不能简单地说哪个部门更有权威性，而应该根据个人需求和实际情况，选择合适的证书进行认证，作为从业者，不断提升自己的专业技能和知识体系，才是提高自身竞争力的关键。