皮下囊肿发生的原因和不同囊肿的类型有关系，如果是表皮样囊肿，主要是因为外伤导致皮肤上皮细胞植入皮下导致的；如果是脂囊瘤、毛根鞘囊肿、毳毛囊肿等，这些是因为染色体异常导致的，有一定的遗传因素，可能是由父母辈传来的先天性疾病。支气管源性与甲状腺舌骨导管囊肿主要考虑是和先天发育异常有关系。而有的皮下囊肿的病因目前并没有明确，主要就是和遗传以及染色体异常有关系。