吃幽门螺杆菌药副作用是可能会引起比较严重的胃肠道症状，比如胃痛、恶心、呕吐、食欲减退、上腹不适、嗳气、打嗝、胃部反酸烧心等，如果采取的是四联治疗，需要使用一种铋剂，一种质子泵抑制剂以及两种抗生素进行治疗，如果长时间服用抗生素还可能会导致胃肠道菌群紊乱、有益菌数量减少、大便性状的改变，另外服用果胶铋等药物以后可能会出现大便颜色发黑，出现黑便。