肝囊肿的症状和囊肿的类型以及病变的程度有关。如先天性单纯性的肝囊肿患者，在初期病变时一般不会引起患者出现明显的临床表现，而后随着囊肿的增大压迫了周围的器官或组织时，患者会出现恶心呕吐、腹痛腹胀等症状。而多囊肝患者会出现餐后腹胀的症状，晚期时会出现严重的肝功能损害，引起发生黄疸等症状。此外，肝包虫病的患者有可能会出现食欲下降、上腹部疼痛、体温升高等症状。