孤独症的原因较多，大致可分为遗传因素、先天性脑结构异常或代谢性疾病等。大多数的孤独症是由于父母双方或其中一个出现孤独症遗传导致的；此外，如果女性在怀孕期间受到了病毒或细菌等感染、孕期时接触了大量的放射性物质或是胎儿出生时造成的产伤等均有可能导致新生儿出现小脑发育不全、脑干萎缩或脑体积增大等诱发孤独症；此外，某些新陈代谢障碍有可能导致脑细胞的功能障碍，也会诱发孤独症。