三个多月的宝宝睡觉老是摇头的原因有很多，常见的原因可能时由于被褥过厚，导致宝宝头部出汗，不舒服会左右摇头。另外，可能时宝宝的枕部有湿疹，会出现瘙痒感，宝宝会通过左右摇头来缓解不适。此外，还有可能时宝宝体内缺钙所致，也有可能会导致皮肤出现瘙痒。建议注意观察，有不适及时去儿科就诊。平时注意宝宝的皮肤清洁卫生，勤换洗床单、被罩，适当带宝宝去户外活动。