患有慢性肠炎时，需要去医院就诊，通过检查，明确感染的具体病菌，给予治疗。如果是细菌感染引起的，需要使用抗生素的药物进行治疗，如头孢类、红霉素等。此外，如果是真菌感染导致的，则需要使用制菌霉素。出现腹痛等不适症状时，还需要使用止痉镇痛类的药物治疗，如阿托品。如果腹泻比较严重，还可以适当的口服补液盐，避免电解质紊乱。在治疗期间，饮食清淡，减少辛辣刺激性食物的摄入。