首先小脑萎缩和大脑萎缩，两者病变的部位不同，大脑萎缩的部位一般包括额叶、顶叶以及枕叶、岛叶、和边缘叶等，而小脑萎缩的部位通常则包括绒球小结叶以及小脑后叶等。其次两者的症状不同，由于人体的大脑一般控制认知感觉，因此大脑萎缩的患者可见语言、视觉障碍，记忆力减退、思维混乱等症状，而小脑萎缩的患者可见共济失调，不能直立行走等运动肢体障碍。