先天性耳瘘管发炎可以通过针对其表现症状进行治疗，例如及时处理炎症，避免形成囊肿，可以服用头孢呋辛、头孢拉定、罗红霉素、阿莫西林等药物来进行消炎抗炎治疗。如果先天性耳瘘管发炎，已经形成了囊肿。一般抗感染治疗没有效果，可以通过进行手术切开脓肿进行引流来控制炎症。如果无法控制病情，可以通过手术将耳瘘管进行切除。平时要注意清淡饮食，合理作息，提高抵抗力，增加抗病能力。