卵圆孔未闭和房间隔缺损首先在性质积及生成原因上有所区别，前者属于胚胎发育遗留的特殊结构，并不属于先天性疾病，后者则一般归结为先天性的心脏畸形，是房间隔发育异常形成。其次是位置及大小不同，卵圆孔一般处于房间隔的中央区域，且直径一般不超过5mm，而房间隔缺损则可出现于房间隔的任意区域，且其直径一般都大于5mm。最后就是二者的影响不同，卵圆孔未闭一般不会产生血液分流，不影响心脏功能，而房间隔缺损则可导致左心室血液存在分流，可影响正常泵血。