巧囊也就是巧克力囊肿，是会影响怀孕的，而且大部分巧克力囊肿患者都会出现不孕的现象，巧克力囊肿一般是由于患者的卵巢功能不正常引起的，无法正常的排卵，甚至是会导致输卵管粘连，从而影响受孕情况。另外如果巧克力囊肿患者不及时治疗，还有可能诱发盆腔炎等疾病，巧克力囊肿患者可以在医生的指导下服用雌孕激素类的药物进行调理，如果情况比较严重者，也可以选择进行手术治疗，直接切除囊肿。