男性射精的时候有刺痛的感觉，主要考虑是泌尿生殖系统病变引起的，如前列腺炎、前列腺增生、精囊炎、精索静脉曲张、附睾炎、睾丸炎、精索炎、睾丸肿瘤、尿道炎、阴茎损伤等，也有可能是尿结石、膀胱结石等疾病导致的。如果经常出现射精刺痛的感觉，建议最好去医院泌尿外科或男科详细的检查一下，明确具体的原因后，在医生指导下及时采取合适的方法进行治疗，以免疾病加重。