三个月宝宝拉肚子的处理方式需要根据具体的情况啦判断。首先需要带孩子去当地正规的医院进行大便常规等检查来明确诊断。如果是肠炎引起的，患儿可以在医生的指导下服用抑制肠道蠕动和肠液分泌的药物来治疗，有助于止泻。如果肠炎并发肠出血或肠穿孔，则可以采取手术治疗。另外，如果患儿是消化不良引起的，患儿可以服用益生菌药物，同时还需要保证充足的睡眠，注意保暖，避免肚子受凉。