小儿肠炎要对症治疗。如果是由细菌感染引起的，可以用抗生素。如果是真菌感染引起的，可以用合适的抗真菌剂。对于细菌感染引起的肠炎，可以用头孢曲松，对大肠杆菌等有很好的控制效果。对于真菌感染引起的肠炎可以用苯唑西林，对金葡菌、化脓性链球菌和肺炎球菌都有很好疗效。另外还可以使用调节肠道菌群，恢复正常的肠道微生态的地衣芽孢杆菌胶囊和增加肠道的屏障功能，吸收病原体和毒素。