肛瘘的形成多考虑是肛周脓肿导致的，当脓肿破溃或引流后就容易形成肛瘘。若是有直肠肛门损伤的情况，伤口出现细菌感染，这也会形成肛瘘；肛瘘的形成还考虑是做会阴部手术或是内痔注射治疗引起肌层感染导致的。另外，当患有结核病引起血行感染或是患有炎症性肠病、糖尿病、白血病等疾病，也会引起肛瘘的发生。肛瘘间歇期治疗上可给予消肿止痛药物和抗生素治疗，在疾病发作期可给予手术治疗，如肛瘘切开术、瘘管剔除术、挂线术等。