首先两者的病变部位不同，慢性咽炎为咽部黏膜及黏膜下组织、周围淋巴组织发生的炎症，食道炎则为食道黏膜及黏膜下组织形成的炎症。其次，两者的成因存在差异，慢性咽炎多为急性咽炎及各类呼吸道炎症反复发作形成，而食道炎多为胃酸及外部的各类刺激性物质反复损伤黏膜形成。再者，两者的症状也存在一定差异，慢性咽炎的主要症状为咽部不适、刺激性咳嗽等，而食道炎症状则为烧心、反酸、胸痛、吞咽疼痛等。