甲状腺手术醒来后会疼痛。这是因为患者在清醒之后，说明麻醉药效已经消失，伤口就会出现疼痛。而且由于甲状腺手术的创伤比较大，因此疼痛也比较明显。但是患者也不用过多的担心，这种疼痛会随伤口的不断愈合而逐渐减轻，直至完全消失。如果疼痛不可以忍受，患者也可以遵医嘱用些止痛的药物治疗。平时还要注意伤口卫生，避免感染。也要多吃高营养的食物，促进伤口愈合。