半夜突然肚子疼可能是因为患者的阑尾腔内存在细菌或是有异物阻塞阑尾管腔，形成急性阑尾炎，而出现的突然腹痛的症状；也可能是因为患者的脂质代谢异常、胆囊功能异常形成胆囊结石，当局部发生梗阻或是炎症而出现的突然肚子疼的症状；当患者食用不洁、霉变的食物，使胃肠当受到病菌侵袭，形成急性肠胃炎导致胃肠功能异常的时候，也会出现突然腹痛的情况。