女性在孕早期胚胎发育期间出现胚胎停育的原因复杂多样，一般为内分泌、免疫、染色体、宫腔环境等方面的异常导致。如女性自身在孕期出现较大幅度的激素分泌水平变化，则可能因各项内源性激素分泌不足导致胚胎停止发育。另外如宫腔内部环境较差不适宜胚胎附着及发育或自身的免疫细胞较为活跃反复攻击胚胎，则也可能导致胚胎过早停止发育。此外，如胚胎染色体存在一定异常，则也可在早期出现纤维化停止发育。